慈云禅寺位于京杭大运河与里运河之间的淮安，列“两淮八大丛林”之首，以“国师道场”著称。

慈云禅寺始建于明代万历四十三年（1615年），原名“慈云庵”。清代顺治十五年（1656年），清世祖福临诏当时武康名僧玉琳进京，对之“慰劳优渥”并送居万善殿，不时前往“临访道要”，称“恨相见之晚，特赐号大觉禅师”，后又晋封“大觉普济能仁国师”，名闻一时。康熙十四年（1675年），垂暮之年的玉琳国师屏侍独行，只身云游，行脚至清江浦（即如皋），因中暑而入慈云庵挂单。数日后自知终期，于初十日索浴趺坐，于八月十日说偈跌坐而逝，以自己的肉身来兴隆此一方道场，为佛法作了最后一次布施。

玉琳国师圆寂后，寺人察自其遗物方知为国师，急报官府转奏朝廷。清代康熙十四年（1675年）八月，被清敕封为“大觉普济能仁国师”的玉琳通琇禅师，清圣祖康熙皇帝即颁诏并派大臣主持荼毗厚葬，并拨款重修慈云庵。国师遗骨则由其嗣裔归葬浙江并立塔于西天目山。

清代雍正十一年（1733年），世宗雍正皇帝访得玉琳国师后裔天晓实彻禅师在扬州高旻寺，便诏其入京召对。雍正十三年（1735年），皇帝“复以清江浦慈云庵为大觉国师圆寂之所”，下诏改慈云庵为“慈云禅寺”并亲书题赐“慈云禅寺”匾额，同时命天晓实彻禅师住持，同时拨淮关银，命时任内务大臣、淮关监督年希尧督建“大丛林”规模格式的慈云禅寺。

乾隆四年（1739年），慈云禅寺新建大功告成。新建成的慈云禅寺占地二十五亩，坐落有五重殿宇、东西配殿。禅院内楼阁齐备，飞檐翘角、雕梁画栋。山门建有钟鼓二楼、东西牌楼，上书为朕亲临，文官下轿，武官下马。寺中遍植松柏花草，门前影壁高大、牌坊精美，顿成江淮首刹。清高宗乾隆皇帝颁赐《龙藏》供奉，赐置香光地三十八顷五十八亩于阜宁陈家浦。后又屡赐紫衣、伞盖、如意、藤杖。乾隆四十五年（1780年）和四十九年（1784年）两次南巡时，均入寺瞻礼，钦赐匾额《慧照常圆》并留下诗文《慈云寺瞻礼》《慈云寺瞻礼迭庚子诗韵》等。

清代咸丰十年，慈云寺部分殿堂毁于兵燹。同治元年（1862年），慈云禅寺住持僧静法师修矢志兴复，集资重建并经营二十余年而复厥旧观，当时已占地达1.6万平方米，宫殿盘郁、琼楼玉宇、飞檐流丹、佛塔高耸、精湛工艺。

1918年，慈云寺大雄宝殿毁于火。寺庙从此日渐颓败。仅存天王殿、藏经殿和国师殿及部分罗汉堂。新世纪后，慈云禅寺得以新建。新修山门殿上镶嵌着全国佛教协会会长赵朴初老居士亲笔题写的“慈云禅寺”金字匾额。寺中诸法师、居士们为今后能够更好地弘扬正信佛法、庄严国土、利乐有情，在政府协助下，筹划扩建寺院，以恢复慈云寺金碧辉煌的原貌。